בתחילת המאה השמינית, החלו הפלישות האסלאמיות להודו. עם התפשטות האסלאם למרכז אסיה, החל דיכוי המנזרים הבודהיסטיים באזור, מה שהביא להיעלמות זרם התהרוואדה במרכז אסיה. זרם זה מעצם טבעו ניזקק לאורח חיים מנזרי. בזרם זה מאמינים שרק נזירים יכולים להשתחרר מן הסבל, והתומכים של המנזרים, נותנים סיוע ,מתוך תקווה שבחיים הבאים יהיו בשלים רוחנית לאורח חיים נזירי, ויוכלו להשתחרר מן הסבל.
כאשר נעלם זרם התהרוואדה ממרכז אסיה, מה שנותרו הן קבוצות קטנות שמסרו את התורה בסתר מפה לאוזן. קבוצות אלה עסקו בבודהיזם טנטרי, שהשתמש בכישוף, אמצעים מיומנים, שסייעו לרכז את הפרקטיקה בעולם הפנימי , על מנת שסביבה עוינת לא תזהה את הדהרמה הבודהיסטית, ולא תוכל לפגוע במתרגל. למרות שהפרקטיקה החיצונית כמעט ונעלמה, הפרקטיקה הפנימית שרדה.
מאחר והקשר בין סין לנלדה התקיים דרך פרס ומדינות מרכז אסיה אחרות, מתחילת המאה התשיעית , נחלש הקשר בין הבודהיסטים הסינים והבודהיסטים של נלנדה, ובמאה השתים עשרה הוא נותק לחלוטין. בגלל העוינות שהופנתה כלפי הבודהיזם, המעבר דרך מדינות מרכז אסיה היה בלתי אפשרי. נלנדה קירבה ופייסה את הבודהיסטים של הצפון והדרום, וככל שהמסע לנלנדה הפך להיות קשה יותר, כך התגבר המתח שכבר היה קיים בין הבודהיזם הצפוני לבודהיזם הדרומי.
הבודהיזם הדרומי הפך לשמרני. בסרילנקה נותרה רק מסורת אחת משלוש מסורות התהרוואדה ,ומסורת המהאיאנה, נעלמה כליל.
הבודהיזם הדרומי התפשט מסרילנקה לבורמה, ותאילנד, אך את התנהלותן של הקהילות הבודהיסטיות במדינות אלה קבעו המנהיגים המקומיים. כתוצאה מכך, עם הזמן הקשרים בין סרילנקה למדינות אלה התרופפו.
מנגד, הבודהיזם הסיני של זרם המהאיאנה קבע נורמות עבור הבודהיסטים של יפן, קוריאה ווייטנאם, והשפעתו עליהן נותרה על כנה, מכיוון שנזירים ממדינות אלה המשיכו להגיע לסין כדי ללמוד את הדהרמה.
כאשר האווירה העוינת התחזקה, שקלו היוגים של נלנדה, היכן כדאי שימשיכו לתרגל. נבצר מהם להגיע לסין, וגם נבצר מהם להגיע לדרום שהפך לשמרני. המקום היחיד שנותר פתוח ומזמין עבורם, היה טיבט.
זוהי הסיבה לכמויות הכה גדולות של תורות בודהיסטיות, שעברו במאה האחת עשרה והמאה השתים עשרה מנלנדה לטיבט, שכללה אז את נפאל ובהוטן וקיבלה בברכה את הדהרמה הבודהיסטית. הדהרמה קיבלה תמיכה מהאצולה בטיבט, לצורך בניית מנזרים, ללימוד מעמיק, ותרגום של טקסטים. באופן הדרגתי הפכה טיבט לבירתה השלישית של הדהרמה הבודהיסטית, אחרי סרילנקה וסין.
התורות שהועברו מנלנדה לטיבט היו תורות טנטריות. מנזרים טיבטיים שמרו על כללי ההתנהגות הטנטריים שהיו שונים בהרבה מכללי ההתנהגות שהיו מקובלים בתהרוואדה ובמהאיאנה הסינית. התורות שהגיעו לטיבט לא היו יכולות להגיע גם לסין, מאחר והמעברים מסין להודו, כבר לא היו בטוחים.
מסיבות אלה, תורות בודהיסטיות עמוקות רבות, שעוסקות בוויזואליזציה של אלים, והגשת מנדלות השתמרו בטיבט, בעוד שבמקומות אחרים הן אבדו, או לא הגיעו אליהם כלל.
חשוב להבין כי לימוד טנטרי דורש זמן ארוך , כעשרים שנה. לכן בתקופה הקרובה לחורבן הבודהיזם בנלנדה, הכשרה כה ממושכת התאפשרה רק לבודהיסטים הטיבטים.
התנאים הטופוגרפיים והאקלים הקשה של טיבט גרמו לכך שהיא הייתה מבודדת מן העולם, ולכן עד לסוף המאה העשרים הייתה טיבט בירתה הסודית של הדהרמה הבודהיסטית. חוקרים החלו לקבל מידע על טיבט מאנשים שביקרו בה, רק באמצע המאה ועשרים. עד אז הייתה טיבט סוד עבור חוקרי הדתות.
