כזכור איבדו הבודהיסטים במאה השתים עשרה   את מעוז הדהרמה,  הודו ונלנדה, שחיבר בין צפון אסיה ודרומה. הבודהיסטים היו מפולגים והקשר ביניהם נחלש באופן משמעותי.

  החל מהמאה השלוש עשרה בסין הייתה ידועה   האמרה לפיה,  האדם המשכיל מתנהג כלפי חוץ כקונפוציאני, בפנים הוא דאואיסט, ובשעת מותו הואבודהיסט.  

 אנשים משכילים שמרו על הסדר החברתי ברוח הדרכותיו של קונפוציוס, שהציב בראש את טובת המדינה.                                                       

בחייהם הפרטיים הם התנהלו ברוח הדאואיזם, תרגלו מיסטיקה, גרשו שדים, ביצעו טקסים מאגיים, עסקו באסטרולוגיה, וברפואה.

לקראת מותם הם החלו לחשוש לעתידם ומצאו מחסה בבודהיזם.

מנזר שאולין הוא אחת התופעות המרשימות בהיסטוריה הבודהיסטית, והוא הפך למין בירה קטנה של ידע ומיומנויות בודהיסטיות. הוא מהווה דוגמה טובה לשילוב בין הבודהיזם, הדאואיזם, והקונפוציאניזם.

מנזר שאולין נוסד במאה החמישית לספירה, בתקופת פריחתו של הבודהיזם בגנדהארה, על ידי נזיר סיני שלמד . בפרס.  המנזר נבנה על הר קדוש לפי הדאואיזם.                                  

מטרת הקמת המנזר הייתה תרגום של סוטות, והוראת דהרמה לנזירים בודהיסטיים, שהגיעו מכל רחבי סין.  במשך השנים התרחב המנזר, וקיבל יותר משאבים, כמו אדמות ופסלים יקרי ערך, מה שדרש מן הנזירים להקים צוות שיגן על המנזר משודדים. כך התפתחו אומנויות הלחימה בשאולין. הנזירים התאמנו באומנויות אלה עוד לפני הגעתו של בודהידהרמה לסין בסוף המאה השישית.

בואו של בודהידהרמה הביא את מסורת הצ'אן שקיבלה הכרה במנזר שאולין, כך השתרשה הדהרמה באופן עמוק יותר.  

מסופר כי בשלב מסוים עזרו נזירים ממנזר שאולין לאחד המנהיגים הסיניים להגן על כיסאו, והוא הפך לקיסר האימפריה, והעניק למנזר שאולין פריבילגיות רבות. השליט שחרר את המנזר מתשלום מיסים, ואפשר לו להחזיק צבא קטן משלו על מנת להגן על עצמו.

ניתן לראות כיצד נזירי שאולין התנהגו  כמי שחונכו על פי תורתו של קונפוציוס. הם שירתו את האינטרסים של המדינה והפכו להיות אהובים על ידי השלטון.

תופעה זו מאפיינת את התנהלותו של מנזר שאולין אז וגם כיום, כאשר הוא משתף פעולה עם השלטון הקומוניסטי, ואף משרת את האינטרסים שלו. החיסרון של גישה זו,  הוא שלאור שליטתו של השלטון במנזר, המנזר אינו יכול להיות עצמאי בסוגיות חשובות, ועליו לעוות את דרכו, על מנת להתאימו למדיניות השלטון. בצד החיסרון הגדול, יש לגישה זו גם יתרון.   השלטון הקומוניסטי ראה בשיקום מנזר שאולין שנחרב בעבר, פרויקט רווחי וניהל את הקמת המנזר מחדש. הדבר תורם להתפתחות הדהרמה ברחבי העולם.

בתקופה הקדומה לקיומו של המנזר, הקיסר העניק לו הטבות שונות , אך הפוליטיקה הפנימית והחיצונית של המנזר הושפעה רבות מהפילוסופיה הקונפוציאנית, מה שהכתיב את התורות שנלמדו,ואת אופן הלימוד. ההדגשים שניתנו כוונו לפשרות עם הנורמות החברתיות, ולכן פרקטיקות של התבודדות לא היו נפוצות.                               

חיי הנזירים כללו אמנם לימוד של סוטרות, אך לא טקסטים טנטריים, הנושאים בחובם ערכים שהם מעבר לערכים הגשמיים, ערכים שמיימיים שכאשר האדם מגשים אותם, הוא עשוי להיות פחות נוח עבור השלטון.                                                           גם תורות התהרוואדה, שכללי ההתנהגות שלהן דרשו וויתור על קשרים עם העולם, לא נכללו בתוכנית הלימוד של המנזר.

אופן הלימוד במנזר קיבל צורה בה כל כישורי הנזירים והיצירתיות שלהם כוונו לפיתוח מיומנויות שיועילו לחברה הכללית, שנשלטה על ידי הקיסר.  כך המגבלות שהוטלו על הדהרמה הבודהיסטית הובילו להעשרתה בכישורי חיים.  כך  התפתחו הרפואה, אומנויות הלחימה, ציור וכתיבה, וכל אלה היוו תוספת לפרקטיקה המדיטטיבית.                                                                           

גם אומנויות הלחימה , שלכאורה אין להן קשר הדוק לדהרמה מאמנות את הגוף לפתח את היוגה של האש הפנימית, אחת היוגות של נארופה וניגומה. אומנויות הלחימה, אומנות חזותית, ורפואה התווספו למסורת צ'אן והתמזגו איתה. בדרך זו שמר מנזר שאולין על עצמו הן  מבחינה דהרמטית והן מבחינה פוליטית.